生命科学实验 全面解决方案

 

Comprehensive Solutions for Life Science Experiments

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如何向国际期刊提交未经裁剪的 Western blot原始图像?

专家意见:The original uncropped images of western blot should be included to prove the results are reliable.

译文:应附上未经裁剪的 Western 印迹原始图像,以证明结果的可靠性

专家意见:The original uncropped images of western blot should be included to prove the results are reliable.

译文:应附上未经裁剪的 Western 印迹原始图像,以证明结果的可靠性。

 

编辑解读:现在越来越多的国际期刊注重原始数据,重视数据的真实性(可重复)和可靠性,那么应该如何正确提交无裁剪的原始WB图片呢?可以考虑从如下几方面着手。

- 图表中的图像不应过度覆盖感兴趣的条带。图板应在条带上方和下方包含一些背景区域。原始图像中的任何非特定条带都应包含在图中,并在文本或图例中加以说明。

- 进行条带间比较分析时,应在同一凝胶/印迹上跑所有相关样本。

- 每张图都应包括所有相关的对照,如有必要,对照样本应与实验样本在同一印迹或凝胶上跑胶。

- 图片不应包括来自不同印迹、曝光或凝胶的条带合成图像。如果需要用来自多个印迹或凝胶图像的数据来说明结果,则不应将不同图像拼接在一起;应将它们明确区分为图中的单独板块,并在图例中注明它们代表不同的凝胶、印迹或曝光。

- 如果在绘制图表时对单个印迹/凝胶图像中的泳道进行了重新排列,则应在图表上用垂直黑线清楚标明图像拼接处,并在图例中注明这些泳道代表不同的凝胶、印迹或曝光。

-强烈不建议对不同凝胶/印迹上的样本进行定量比较;如果不可避免,则必须在图例中说明样本来自同一实验或平行实验,且凝胶/印迹是平行处理的。

-对于凝胶中不相邻的重新排列的泳道,必须以划定泳道之间界限的方式清楚标明。重新排列的泳道应在图例中注明。

-上样对照(如 GAPDH、actin)必须在同一印迹上进行。如果样品处理对照在不同的凝胶上进行,则必须在图例中注明。论文中裁剪过的凝胶必须保留所有重要条带。

-不鼓励使用高对比度凝胶和印迹,因为过度曝光可能会掩盖其他条带。

-WB重复的结果应提交以供审查。重复的次数应在图注中清楚地标明。

 

 

提交Western blot原始图片的格式要求:

- 创建一个PDF文件,其中包含稿件主图和补充图中的所有印迹和凝胶原始图像。建议使用图像软件(如 Gimp、Photoshop)编译和注释原始图像,然后以 LZW 压缩方式导出/保存为 tiff 文件。也可以使用 PDF 将多个带注释的 jpeg/tiff 图像文件编辑成一个 PDF 文件。不建议在 Powerpoint 中编辑图像,因为这样会丢失分辨率。

- 文件应命名为 "S1_raw_images",并作为 "补充信息 "文件上传或存放在合适的公开数据存储库中,并在 "数据可用性声明 "中提供数据集标识符(DOI 或其他形式的持久性标识符)。

- 作者应为每张原始印迹或凝胶图像贴上标签,以清楚地注释加载顺序、实验样本的身份、捕获图像的方法,并说明哪张图板是由该原始图像生成的。原始图像上应包含或标明分子量标记,最终图中未包含的任何泳道应在原始印迹/凝胶图像的泳道标记上方标注 "X"。所有标记和注释均应在不遮盖任何数据或背景条带的情况下进行。

-正文选用的条带来自于原始图片的哪些条带最好用方框标示。

 

作者在提交稿件时应注意以下几点:(1)检查图片是否重复;(2)检查印迹和凝胶是否拼接了泳道;(3)确保提供的原始图与正文图片相符。

 

无裁剪的原始WB图片范例如下:

 

 

#2

专家意见:Please be sure to provide methodology for all experiments (for example, for western blots, describing lysis, SDS-PAGE, membrane transfer, blocking, primary/secondary antibody incubation conditions, blot detection, software used for analysis, etc.)

译文:请务必提供所有实验的方法(如 Western 印迹、裂解、SDS-PAGE、膜转移、阻断、一/二抗孵育条件、印迹检测、分析所用软件等)。

编辑解读:方法的可重复性是验证研究真实性的重要依据,因此方法的可重复描述至关重要。

 

 
 

#3

专家意见:Mouse brain tissues were lysed with 100 μL/50 mL protein lysate RIPA. Please check:  should this be 100 μL/ 50 mg?

译文:用 100 μL/50 mL 蛋白裂解液 RIPA 对小鼠脑组织进行裂解。请检查:是否应为 100 μL/50 mg?

编辑解读:作者在描述方法重要细节时,需要仔细审查是否正确。比如NRR要求作者在描述Western blot所涉及的一抗和二抗时,需要提供抗体的RRID,此时需要确保所提供的RRID与文中的Cat#及生产商与RRID官方网站一致。如果研究中所用的抗体在RRID官方网站中确不能检索到,那么不需提供该抗体的RRID,而不应提供错误的RRID。

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